Over de prehistorie in het stadsgebied is weinig bekend; er zijn enkele toevalsvondsten gedaan bij het graven van funderingen; de oorzaak van deze lacune is dat de ongetwijfeld aanwezige sporen bedekt zijn door een metersdikke laag stadsafval (ophoging) en huizen. Daar waar de ophogingslaag dunner (Herenstraat) wordt of zelfs geheel verdwijnt (het buitengebied) worden op de zandkopjes vondsten gedaan uit Mesolithicum, Neolithicum (met begravingen), Vroege Bronstijd en IJzertijd (huizen en graven). Grafheuvels zijn bekend ten Z van Afrt op de Berg en op de Leusderheide. Recent onderzoek N van Afrt leverde ook daar een aantal grafheuvel-resten op; een grafheuvel in het eigenlijke stadsgebied bedekt door stadsafval (tussen beide groepen) behoort daarom niet tot de onmogelijkheden.
Ook een vondst van romeinse import is uit Hoogland bekend.
Veel vroeg-middeleeuws materiaal (periode 400-1000) komt uit Leusden. Deze laatste vondsten zijn in overeenstemming met de vermelding van Eem en van de villa Lisiduna (Leusden) in de Oorkonde van 777.
We komen zo in de historie van Afrt en omgeving. Het oudste deel is W van de relatief hoog liggende Langestraat tussen Krommestraat en Havik; daarna volgt pas de ingebruikname van het wat nattere gebied O van Langestraat; Maat). Eerste vermelding van Afrt in 1028. Vanuit Afrt werd de Gelderse Vallei ontgonnen (Hoevelaken, XII). Afrt werd een grensvesting t.o.v. Gelderland.
1248 Wijding St Joriskerk; 1259 stadsrechten. Omstreeks die tijd ging de stad naar buiten, op de aangelegde stadsgrachten, afwateren; voor die tijd waterde de bebouwing centraal af op de Langegracht-Kortegracht combinatie.
In 1274 werd de stad enigszins verdedigbaar (Belegeringen). Ca 1300 werd de eerste Muur en ca 1450 de tweede muur voltooid; 1389 oudste vermelding van de Latijnse School; al vóór 1400 werd de Haven buiten de Koppelpoort geplaatst; 1565 eerste uitgave van een boek; 1579 overgang naar het protestantisme (Alteratie).
Ca 1615 begin (hoogtepunt ca 1780) van de tabaksteelt om Afrt; 1661 de Kei wordt binnengehaald; 1818 Maatschappij tot Nut van het Algemeen (afdeling Afrt) opgericht; 1863 Afrt krijgt een spoorwegverbinding; 1874 na de totstandkoming van de Vestingwet kon Afrt buiten zijn oorspronkelijke wallen bouwen; 1914-1918 veel uit het oorlogsgebied gevluchte Belgen worden in Afrt geïnterneerd. Archeologie, Bodem, Nijverheid, Structuur, Waterafvoer-verandering