In het oostelijk deel van de provincie Utrecht loopt van zuid-oost (Rhenen) naar noord (het Gooi) een door het landijs in de ijstijd (Pleistoceen) opgeduwde zg. stuwwal. Het voor Nederland (ook voor Afrt) belangrijke tijdsdeel van de ijstijd heette vroeger Riss, thans Saalien (175-250 duizend jaar geleden). Aan de oostzijde van de stuwwal is de Gelderse Vallei, die in het noorden overgaat in het Eemdal. Afrt is op een aantal hoge plaatsen (hierover lopen wegen) in dit Eemdal ontstaan aan de voet van een naar het oosten in het Eemdal uitstulpende zandmassa (de Amersfoortse Berg). De stuwwal bevat veel zwerfstenen, die in 20- en 30-er jaren in diverse zandgroeven bij de bouwactiviteiten op de Afrt Berg tevoorschijn kwamen; het boek Nederlandse Zwerfstenen door P. van der Lijn (Zutphen, 1935) dankt o.a. hier zijn ontstaan aan. Amersfoort werd hierdoor in zekere zin het centrum van de Nederlandse amateur-geologie. In JVFL 1927 en 1928 ontvouwt P. van der Lijn zijn denkbeelden over een permanente geologie-expositie in Museum Flehite.
Afrt en omgeving was ook de naamgevend t.a.v. enige geologische tijdschaal-onderdelen:
Eemien
Bepaalde geologische lagen met karakteristieke zeeschelpen worden Eemien genoemd. Hun ouderdom is ca 150.000 jaar; het zijn lagen die snel, in een warmere periode, na het hierboven beschreven Saalien ontstaan zijn. Zij zijn in 1852 voor het eerst uit de ondergrond van Amsterdam door Pieter Harting beschreven ['De bodem onder Amsterdam onderzocht en beschreven', Verhandelingen 1e klasse Koninklijk Ned. Instituut van Wetenschappen, III-5]; een definitievere studie vond plaats in de Gelderse Vallei, nabij de Eem [P. Harting, 'De bodem van het Eemdal', Verslagen en Mededeelingen Kon. Akad. van Wet., II, 8 (1874).
Amersfoort
Detail-onderdeel (ouderdom ca 65.000 jaar) van de geologische tijdschaal; eerste aanzet van het Weichselien (vroeger Würm). De naamgevende onderzoeksplaats (type-site) is de spoorwegtunnel-put (gebouwd eind vijftiger jaren van deze eeuw) in de Amsterdamse weg bij het nieuwe stadhuis.