| ca 1600 | Onder leiding van Gesselius komt de Latijnse School tot grote bloei; er ontstaat de gedachte deze in een Universiteit om te zetten; Leiden verzet zich sterk en rond 1603 raakt dit plan van de baan. |
| 1602 | Laatste begraving bij de St Joriskerk op de plaats van de huidige Groenmarkt. |
| 1608 | Boterbeurs bij Joriskerk gebouwd. |
| 1608 | Moord op Metgensbleek; één der daders geradbraakt. |
| 1611 | Het Burgerweeshuis verhuist naar Mariënhof. |
| 1614 | De nieuwe Eem gegraven. Zie ook: 1555. |
| 1615 | Amersfoorters beginnen tabak te planten. |
| 1616 | Oprichting van het Heemraadschap. |
| 1616 | Jaar op steen aan Rodetorenpoortsbrug |
| 1617 | De kapel van het Begijnhof aan de Vijver wordt Remonstrantse kerk. |
| 1618 | Een man gevonden, die 24 uur onder de sneeuw had gelegen; hij leefde nog vele jaren daarna (uit: Historien). |
| 1619 | Gevelsteen Langestraat 11. |
| 1622 | Laatste paardenmarkt op de Kamp. |
| 1622 | Latijnse School van hoekgebouw Appelmarkt naar de kapel van het St Agnietenklooster aan de Herenstraat (tot eind XVIII) |
| 1622 | Bibliotheek van de Joriskerk wordt van de kerk naar de Latijnse School in het St. Agnietenklooster verhuisd. |
| 1623 | Bliksem in Lieve Vrouwe Toren. |
| 1623-1631 | Pest-epidemie |
| 1626 | Voormalige Librije-aanbouw van de St Joriskerk wordt afgebroken. |
| 1628 | Gevelsteen Langestraat 45. |
| 1629 | Amersfoort door troepen van de Keizer belegerd en ingenomen; na 4 dagen weer verlaten [Ernst, graaf van Montecuculi]. |
| Even na 1630 | ontstaat 't Zand door demping van het daar aanwezige water. |
| 1631 | De schilder J.C. Droochsloot schildert de Hof met stadhuis; het is in Nederland de vroegste afbeelding waarbij een Walviskaak aan een stadhuisgevel zichtbaar is. |
| 1634-1638 | Pest-epidemie |
| 1635 | De economische toestand van de stad is zo zorgelijk dat de leerlingen van de Latijnse School geen feestdag kunnen hebben. |
| 1635 | Op 't Zand worden 45 notenbomen geplant. |
| 1640 | Marten Codde begint in het voormalige St Agathaklooster een lakenfabriek. |
| 1643 | Overstroming in Afrt. |
| 1645 | Overstroming in Afrt. |
| 1645 | Verbod op het bouwen van houten voorgevels aan huizen. Houten Gevels |
| 1645 | De stad koopt een pand aan de Hof van de apotheker Johannes Both; later (1653) wordt dit bij het stadhuis getrokken. |
| 1647 | Secretaris van de stad moest vanaf dit jaar door Geduputeerde Staten van Utrecht worden benoemd. |
| 1648 | Vrede van Munster; einde van de 80-jarige oorlog. |
| ca 1649 | Rembrandt tekent, tijdens een reis met Hendrickje Stoffels naar haar ouders in het oosten van Nederland, het Sprengel; ook tekent hij in Rhenen. |
| 1651 | Er ontstaat een Jezuieten-Schuilkerkje (ingang Vijver). |
| 1651 | De bliksem slaat (zie ook: 1623 + 1547) in de torenspits, grote schade; de stadstimmerman Lenaert Nicasius voorkomt erger door het brandende deel met een bijl los te kappen. |
| 1651 | Overstroming, door breuk van de Grebbedijk en hoog zeewater, in Afrt. |
| 1653 | Het derde, in 1645 gekocht, huis wordt bij het stadhuis op de Hof getrokken; hierdoor krijgt het zijn maximale grootte. |
| 1654 | de houten spits van de Lieve Vrouwetoren door de stadstimmerman Leendert Nicasius gebouwd. Door Joost Jansz Baack en Hendrick Acke (koperslagers) in 1655 met roodkoper bekleedt. |
| 1654 | Oude Gasthuis (naast Heilige Geestkapel) opgeheven en afgebroken. |
| 1655 | Een Afrt vrouw ondergaat vrijwillig de Waterproef om zich van de beschuldiging van Hekserij te zuiveren |
| 1655-1660 | Pest-epidemie |
| 1655-1677 | Pogingen om de Jezuiten het werk in Afrt te bemoeilijken. (Schuilkerk (5)). |
| 1656 | Grachten uitgediept en straten verbeterd. |
| 1657 | Vishal gebouwd. Historien zegt: Nieuwe Vismarkt gemaakt. |
| 1657 | Brand in de Achter-Kamp (uit: Historien). |
| 1659 | Instructie voor de levering van geneesmiddelen aan de stadsarmen. Farmacie |
| 1661 | De Joden worden in Afrt toegelaten. |
| 1661 | Inwoners met een woning aan een gracht, moeten hun schepen aanmeren in het Havik. |
| 1663-1668 | Pest-epidemie |
| 1664 | Gevelsteen van Havik 25 (Leger des Heils). |
| 1666 | Op 8 juni wordt de 'grote keeselsteen' [de kei] op instigatie van Everard Meijster de stad ingetrokken. |
| 1666 | De bende van Stoffel van Reenen berooft de bewoners van een boerderij-herberg O van Afrt. Hees |
| 1667 | Laatste pestlijders worden in het Pesthuis verpleegd. |
| 1672 | (mei) De kei wordt, zeer waarschijnlijk op initiatief van de Magistraat, op de Varkensmarkt begraven [FL 20 no 3/4 dec 1989 50]. |
| 1672 | (juni) Afrt veroverd door Lodewijk XIV; de stad 17 maanden door de Fransen bezet gehouden. Zie ook: Bongaerts-Van Rijckevorsel, 1977 p. 10. |
| 1674 | De stad krijgt een nieuw Regerings-reglement opgelegd. |
| 1674 | (1 aug) Het middenschip van de Domkerk te Utrecht wordt door een tornado verwoest. |
| 1674/75 | Gedurende 2 jaar is er een Pensionaris in het Stadsbestuur. Ploos van Amstel |
| 1676 | Er zijn nog achterstallige tractementen van de leraren van de Latijnse School; deze salarissen worden verlaagd. |
| 1678 | Er wordt in Afrt een Katoendrukkerij gesticht. |
| 1680 | Laatste wolf (Wolvenjacht) in Utrecht gesignaleerd. |
| 1681 | Om de Vrijheid der Stad worden ter afbakening van de grens limietpalen geplaatst. |
| 1682 | De tractementen van de leraren van de Latijnse School worden met 25% verminderd wegens de slechte economische toestand; in 1683 worden achterstallige tractementen uitbetaald met een korting van ( 25.-; in 1686 wordt er, uit bezuiniging, geen conrector benoemd. |
| 1683 | Blikseminslag in de Lieve Vrouwe Toren (uit: Historien). |
| 1686 | Heilige Geestkapel wordt Lutherse kerk. |
| 1687 | Gevelsteen Kamp 10 (De Gekroonde Bijenkorf). |
| 1692 | Johannes Clerck komt van Utrecht naar Afrt; hij wordt hier StadsDrukker en stamvader van een drukkers-familie; mogelijk levert hij door zijn Utrechtse contact boeken in Hebreeuwse typografie aan de Afrtse Joden. |
| 1693 | Glashuis gevestigd aan de Westsingel (tot 1733). |
| 1693 | Ondersteuningsfonds voor bierdragers opgericht. |
| 1695 | Gijsbert Johan van Hardenbroek organiseert een mislukte Loterij. |
| 1695 | In de stad worden 60 lantaarns geplaatst; op Oudejaarsavond wordt er één vernield. |