| 1512 | De bewoners van Teut en Bloemendal krijgen toestemming om een Waterput te graven. |
| 1513 | Rodetorenpoort verkocht aan particulieren. |
| 1520 | Grote brand; voornamelijk in de Kamp; alleen het huis 'De Brabantse El' bleef staan. |
| 1525-1526 | Pest-epidemie |
| 1528 | De kelder van de Lieve Vrouwetoren wordt als kerker voor gevangen Gelderse voetknechten gebruikt [C.A. van Kalveen, AC dd 3 maart 1965]. |
| 1528 | De Geldersen leggen het klooster (?)Vredendael bij Afrt in de as (uit: Historien). |
| 1528 | De bisschop van Utrecht moet zijn wereldlijk gezag overdragen aan Karel V; Margaretha van Oostenrijk landvoogdes. |
| 1529 | Afrt begint met bestrijding van de Lutherij. |
| 1529 | De broeders van het St Jansklooster moeten dit verlaten, wegens verdenking van ketterij. |
| rond 1530: | Bouw van het Mandaatshuisje (café Onder de Linden); hier woonden de Kanunniken; hier gold het kerkrecht; het was een soort vrijplaats (immuniteit, montade). |
| rond 1530 | Muurschildering St Joriskerk aangebracht. |
| 1533 | Bouw van het Mannendeel (?) van het St Pieters en Bloklands Gasthuis. |
| 1534 | De Joriskerk krijgt als hallenkerk zijn definitieve vorm. |
| 1534 | De Waterput op de Hof wordt in een raadsresolutie vermeld; de hout- en turfverkopers moeten er achter blijven staan. |
| 1536 | Mislukte aanslag op Amersfoort door de hertog van Gelderland. De auteur van Historien zegt: doordat een vrouw het verraad door afluisteren, via een raam, hoorde en het aan de Burgemeesters door vertelde. |
| 1536 | Alle stadhuis-activiteit geconcentreerd op de Hof; uitbreiding van de stenen woontoren met het huis Nieuw Schoneveld. |
| 1539 | Maria van Hongarije, landvoogdes, bezoekt Amersfoort. |
| 1543 | Overgave, na 5 bestormingen, van de stad aan de Gelderse veldheer Maarten van Rossum. |
| 1544 | Ordonnantie van Karel V op Justitie en Politie, waarbij Afrt veel rechten verbeurd, wegens de te snelle overgave van de stad aan Maarten van Rossum. Ref. W. van Iterson, Twee belangrijke jaartallen in de geschiedenis van Amersfoort: 1543 en 1544 FL 2 okt 1967 49-58. |
| 1547 | Gruwel (een kettermeester uit Utrecht) komt in opdracht van de keizer boeken inspecteren (binnen 8 dagen in te leveren) veel bijbels verbrand. (Ref. Boerwinkel [1939], Croniek St Aagten Convent p.27) |
| 1547 | De bliksem slaat in de torenspits van Onze Lieve Vrouwekerk, zonder veel schade aan te richten. |
| 1547 | Bordes gebouwd aan het stadhuis op de Hof (met vier pilasters, waarop stenen leeuwen) en het wapen van Karel V aan de gevel bevestigd. Ook werd er een houten gaanderij aan het stadhuis gebouwd. |
| 1547 | De Celzusters verhuizen naar het terrein van het Hofje van Poth. |
| 1549 | Filips (later II), dan nog kroonprins, bezoekt Afrt. |
| 1549 | Degenen die zout willen verkopen vanuit schepen, moeten aan de kade van het Havik gemeerd liggen. |
| 1551 | Stichting van het St Nicolaasweeshuis; na de Alteratie wordt dit Burgerweeshuis. |
| 1552 | Overstroming in Afrt. |
| 1553-1558 | Pest-epidemie |
| 1555 | Verbouwing van de Utrechtse Buitenpoort [FL 7 feb 1976 63-64]. |
| 1555 | Philips II volgt Karel V als landsheer op. |
| 1555 | De Eem tussen de Koppelpoort en Isselt gegraven; daarna was de natuurlijke Eem diep genoeg om met schepen in de Zuiderzee te komen; door dit graven van een nieuwe waterloop ontstond de naam Oude Eem. Zie ook: 1614. |
| ca 1557 | Er wordt aan de Nieuwstraat een Muntschat begraven. |
| 1559 | Er is sprake van de inspectie op Lutherij van de winkels van twee boekhandelaren in Afrt (zie ook: 1547 en 1565) |
| 1559 | Een aantal Doopsgezinden wordt aangegeven bij de schout Vincent van Houve; deze stelt hen in de gelegenheid te ontkomen. |
| 1565-1567 | Pest-epidemie |
| 1562 | Toren van de St Joris-kerk door blikseminslag in brand (uit: Historien). |
| 1565 | In Amersfoort wordt voor het eerst een boek uitgegeven; de boekhandelaren Buysius en Iohannis bijten de spits af. Novesius |
| ca 1565 | Achter de tweede stadsmuur worden, ter versterking, aarden wallen opgeworpen. |
| tussen 1558 - 1572 | Jacob van Deventer maakt twee Stadsplattegronden voor Filips II; Gysbert Cloeting tekent de gebouwen. |
| 1570 | Overstroming in Afrt. |
| 1571 | Moord op Evert Ram. |
| 1571 | De leerlingen van de Latijnse School mogen kolven op het Kalfsveld. Kolfbanen |
| 1572 | Amersfoort, zonder gevechten, even in handen van de Geuzen, maar de stad gaf zich na de verovering van Zutphen door Don Frederik onmiddellijk aan de Spanjaarden over. |
| 1577 | Aanwezigheid van pottenbakkerijen, wegens brandgevaar, in de stad verboden. |
| 1579 | Amersfoort belegerd; wordt door geweld gedwongen zich aan te sluiten bij de Unie van Utrecht; Alteratie. De Staten van Utrecht vertegenwoordigen het centraal gezag; kerken en kloosters verliezen hun bezit (worden geseculariseerd). |
| 1580 | (maart) Beeldenstorm; o.a. Muurschildering St Joriskerk beschadigd. |
| 1582 | Overstroming in Afrt. |
| 1582 | Eerste vermelding van de Bank van Leening. |
| 1587 | bouw Accijnsmeesterhuisje; later wordt dit Kleppermanshuisje; Muurschildering op Joriskerk komt binnenshuis. |
| 1588 | Kaart van Amersfoort door Braun en Hogenberg. |
| 1594 | Stadsversterking door Mr Adriaen Anthonisz. |
| 1594 | Er is sprake van Meester Jacob als organist en kloksteller. |
| 1595 | Een beroemd geval van Hekserij te Afrt. |
| 1595 | Wateroverlast door breuk van de Grebbedijk; de brug van de Slijkpoort weggespoeld (Overstroming). |
| 1597-1605 | Pest-epidemie |